La Chiesa dedicata a Santa Chiara della Croce è parte della struttura conventuale delle clarisse in osservanza della regola agostiniana.
La prima costruzione della nuova casa presso l’antica chiesetta di Santa Caterina è iniziata nel 1281 per volontà di Beata Giovanna, sorella di Santa Chiara. Qui Chiara divenne Abbadessa nel 1291, alla morte della sorella e, nel 1303, si occupò di ricostruire le fondamenta della chiesa che oggi porta il suo nome e dove giace. Della costruzione originaria oggi rimane il coro delle monache, l’attuale cappella di Santa Croce e il giardino, una volta orticello, chiuso tra il Monastero e la Chiesa.
Il Santuario di S. Chiara da Montefalco, è stato costruito nel 1615 su progetto dell’architetto perugino Valentino Martelli.
All’interno della chiesa, sull’altare maggiore si trova un ricco ciborio dorato del ‘600.
Nel braccio destro del transetto, in fondo, su un basamento trecentesco è collocata l’Urna d’argento e cristallo dove riposa intatto il corpo di Santa Chiara da Montefalco, con le reliquie del cuore.
Sulla sinistra della chiesa è la preziosa “Cappella della Croce”, in origine presbiterio della Chiesa di Santa Croce, venne fatto costruire dalla Santa tra la fine del 1200 e l’inizio del 1300: un luogo molto suggestivo, il più legato a Chiara in vita e in morte ed anche oltre la morte, perché lì sarebbero avvenuti i numerosi miracoli narrati dai Processi per la Canonizzazione. Questo luogo sacro è quello che lei scelse per la sua morte, quando la mattina del 17 agosto del 1308, chiese di esservi trasportata su di un letto di legno portatile. Questo ancor oggi è il giorno dedicato alla sua venerazione. Negli affreschi che decorano la cappella di Santa Croce, affrescata nel 1333, sono rappresentati, tra le varie scene, i momenti salienti della vita di Chiara. Nella volta a crociera sono raffigurati i simboli dei 4 Evangelisti e incorniciati da ricchi fregi decorativi, al centro della cappella vi è la parete affrescata con un’imponente Crocifissione, affollata da oltre quaranta figure, con una schiera di cavalieri a far da corona alla croce. Le opere di scuola spoletina, risentono delle novità giottesche della vicina Assisi. Il Monastero oggi è un luogo di culto e venerazione di molti fedeli che, oltre a rendere omaggio in preghiera sulle spoglie della Santa qui conservate, raggiungono numerosi il complesso anche per i rosari realizzati con i frutti dell’albero secolare che si trova nel giardino del chiostro conventuale. In questo spazio poetico, nella sua totale semplicità, noto come “il giardino di Santa Chiara” per quanto vi fosse affezionata e la cui unica apertura è sul cielo, infatti, vi cresce un albero sconosciuto fino agli inizi dell’800 in Europa. In primavera si copre di fiori profumati, di un viola chiaro e sfumato, delicatissimo. Da questi fiori poi, a grappolo, maturano delle bacche. I loro semi sono i ben noti “acini” con cui si confezionano da secoli le caratteristiche corone del rosario.